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Technologies illumina hiseq et miseq

Plusieurs types de librairies sont offertes pour du séquencage HiSeq et MiSeq, telles que:

  • Librairies d'ADN (shotgun et PCR-free) pour le séquencage de génomes complets sur le HiSeq X. Différents types de librairies basées sur la technologie Nextera (Illumina) pour le séquencage de petits génomes ou amplicons.
  • Librairies ChIP-Seq
  • Séquencage d'ARN et petits ARNs
  • Librairies d'ADN avec conversion au bisulfite pour l'identification de sites de méthylation
  • Librairies enrichies pour des régions d'intérêt
    • Captures d'exomes (Agilent SureSelect; Roche Nimblegen SeqCap; Illumina Nextera Exome)
    • Panels personnalisés (Roche Nimblegen SeqCap; Illumina Nextera Capture)
    • Sites de méthylation (Roche Nimblegen SeqCapEpi)
    • RNA-Seq
  • Amplicons
  • Métagenomique (16S/18S/ITS)

La plupart des pipelines de préparation des librairies ont été automatisés afin de réduire les coûts et augmenter la fiabilité.

Toutes les librairies peuvent être séquencées en format lecture simple (single-read) ou pairée (paired-end) et des lectures de 50, 100, 150 ou 250 bases (jusqu'à 300 bases sur le MiSeq) peuvent être effectuées. En moyenne, 15M de lectures sont obtenues sur le MiSeq et de 150M à plus de -450M de lectures sont obtenues sur le HiSeq, dépendamment du type de séquençage choisi.

Les séquences sont téléchargées directement de Nanuq. Les lectures sont livrées en format BAM pour des séquences d'origine humaine, de rat ou de souris, tandis que des fastq sont utilisés pour des séquences provenant des autres espèces.

Nouveau!
Consultez la note d'application technique traitant de la sélection automatisée de tailles de fragments en utilisant des billes SPRI select.

Plus de détails sont fournis dans le Guide de l'utilisateur ou en contactant le Bureau de Gestion des Clients.