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Technologie Système Chromium de 10X Genomics

Le système Chromium est basé sur la technologie GemCode qui est composée de millions d'émulsions contenant une cellule ou une longue molécule d'ADN, selon l'application désirée. Chaque émulsion ou partition comprend son propre code à barre.

Deux types de librairies sont disponibles pour trois types d'application :

  • Cellule unique (single cell) 3' pour des projets de transcriptomique
  • Librairies d'ADN permettant de faire de la phase chromosomique (phasing) et/ou d'identifier des variants structuraux, ou de faire de l'assemblage de novo de larges génomes.

Cellule unique (Single Cell) 3'

Le protocole « Single Cell 3' » permet de quantifier chacun des transcrits de chacune des cellules de l'échantillon se trouvant dans une population hétérogène.

Les librairies générées sont séquencées sur les instruments Illumina HiSeq 2500 ou 4000, dans les formats de lecture pairées (paired-end) de 50, 75 ou 100 bases.

Les séquences sont téléchargées directement de Nanuq et comprennent les codes à barres.

Les données peuvent être analysées en utilisant Cell Ranger et Loupe Cell Browser, des logiciels gratuits disponibles sur le site de 10X Genomics : (lien).

Libraries d'ADN

Le protocole « Chromium Genome » permet d'obtenir des données à partir de longs fragments d'ADN sur tout le génome. Cette technologie est idéale pour l'assemblage de novo de génomes de tailles moyenne ou grande, ainsi que pour la caractérisation de variants structuraux, l'identification de SNP et la phase chromosomique.

Un code à barre unique, ajouté à chaque émulsion, est utilisé pour marquer un long fragment d'ADN (60-100 kb).

Les librairies sont ensuite séquencées sur un HiSeq X d'Illumina, dans le format de lecture pairée (paired-end) de 150 bases.

Les séquences sont téléchargées directement de Nanuq et comprennent les codes à barres.

Les données peuvent être analysées en utilisant Supernova ou Long Ranger, des logiciels gratuits disponibles sur le site de 10X Genomics : (lien).

Pour plus d'information, contacter le Bureau de Gestion des Clients.