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Analyse de génotypage d'échantillons FFPE

Les archives d'échantillons FFPE contiennent une abondance de précieux renseignements pour les études de cancers humains. Les acides nucléiques contenus dans ces échantillons sont généralement passablement dégradés, peu abondants et modifiés chimiquement. Par conséquent, ils fonctionnent mal dans la plupart des études de génotypage et d'expression du génome entier. Récemment, les compagnies de Biopuces ont résolu ce problème pour le génotypage ainsi que pour l'étude de l'expression génique. Nous avons testé de nouveaux produits et maintenant nous sommes fiers et confiants d'offrir les technologies de génotypage et d'expression génique pour des échantillons FFPE.

Biopuces affymetrix

L'obtention de profils CNV (copy number variation) et LOH (loss of heterozygosity) du génome entier provenant d'échantillons de tumeurs solides représente un défi de taille en raison de la difficulté de travailler avec des quantités limitées d'ADN à partir d'échantillons FFPE fortement dégradés.

Une approche simple de criblage du génome entier évite les traditionnelles méthodes de FISH et de PCR à faible résolution. Les technologies de séquençage de nouvelle génération ont montré l'utilité d'une bonne couverture du génome afin d'obtenir des informations sur le nombre de copies à partir d'échantillons FFPE. Toutefois l'obtention d'une telle couverture demeure un défi important.

OncoScan™ FFPE Assay Kit

NOTE:

Affymetrix recommande fortement d'utiliser le protocole du kit "QIAamp DNA FFPE Tissue Kit" pour purifier l'ADN des blocs FFPE qui seront utilisés pour le test avec la puce OncoScan?. Pour un meilleur rendement en ADN, Affymetrix recommande également une modification au protocole du kit "QIAamp DNA FFPE Tissue Kit". La procédure modifiée ajoute une étape de chauffage à 98°C pendant 15 minutes pour améliorer le processus de digestion afin de mieux pour libérer l'ADN des coupes de tissus.

Voir la procédure d'extraction recommandée

Beadchip d'illumina

Employant une procédure simplifiée, toutes les biopuces Illumina commerciales, personnalisées ou semi-personnalisées, peuvent être utilisées pour le génotypage d'échantillons FFPE. Cette procédure utilise " Infinium FFPE DNA Restoration Solution" qui simplifie la sélection initiale des échantillons ayant une qualité suffisante pour la réparation de l'ADN endommagé des échantillons pour l'étape de génotypage subséquent.

Omni Arrays - Avec six BeadChips différents comportant une grande variété de contenus et de formats, la famille de biopuces Omni donne aux chercheurs la possibilité d'étudier le plus large éventail de variations génétiques, peu importe la taille ou le budget de l'étude.

Core Arrays - Conçu pour rendre le génotypage à grande échelle abordable, ces biopuces personnalisables comprennent une informative de marqueurs de polymorphisme (SNP) permettant aux chercheurs d'adapter les études de populations spécifiques ou des objectifs de recherche.