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Biopuces affymetrix

L'obtention de profils CNV (copy number variation) et LOH (loss of heterozygosity) du génome entier provenant d'échantillons de tumeurs solides représente un défi de taille en raison de la difficulté de travailler avec des quantités limitées d'ADN à partir d'échantillons FFPE fortement dégradés.

Une approche simple de criblage du génome entier évite les traditionnelles méthodes de FISH et de PCR à faible résolution. Les technologies de séquençage de nouvelle génération ont montré l'utilité d'une bonne couverture du génome afin d'obtenir des informations sur le nombre de copies à partir d'échantillons FFPE. Toutefois l'obtention d'une telle couverture demeure un défi important.

OncoScan™ FFPE Assay Kit

NOTE:

Affymetrix recommande fortement d'utiliser le protocole du kit "QIAamp DNA FFPE Tissue Kit" pour purifier l'ADN des blocs FFPE qui seront utilisés pour le test avec la puce OncoScan?. Pour un meilleur rendement en ADN, Affymetrix recommande également une modification au protocole du kit "QIAamp DNA FFPE Tissue Kit". La procédure modifiée ajoute une étape de chauffage à 98°C pendant 15 minutes pour améliorer le processus de digestion afin de mieux pour libérer l'ADN des coupes de tissus.

Voir la procédure d'extraction recommandée