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Projets génome canada

Compétition 2012 - Soins de santé personnalisée
  • Personalized risk stratification for the prevention and early detection of breast cancer

    Investigateurs principaux :
    Jacques Simard, PhD - Université Laval
    Bartha Maria Knoppers, PhD - Centre of Genomics and Policy (CGP), McGill University

    Towards an optimal breast cancer prevention and treatment strategy

    Each year, over 22,000 Canadian women are diagnosed with breast cancer, a disease that will claim the lives of 5,000 of them. Right now, routine mammography is used to screen for breast cancer in women over the age of 50, even though nearly one-quarter of the cases occur in women 35 to 49.

    The project aims to develop a genomic tool for breast cancer risk management that could help optimize prevention, improve prognosis and treatment, and reduce costs to the healthcare system.

    Through involvement with the largest international consortium on the study of breast cancer, the project will help broaden existing knowledge in order to provide better risk stratification tools, fine tune intervention strategies and offer the population more effective tools.

    Source: Genome Canada

  • Personalized medicine in the treatment of epilepsy

    Investigateurs principaux :
    Patrick Cossette, MD, PhD, Jacques Michaud, MD, PhD et Berge Minassian, MD - Centre hospitalier universitaire de l'Université de Montréal (CHUM)

    New diagnostic test for epilepsy gives hope to patients with drug-resistant form of the disease

    Epilepsy affects approximately three percent of Canadians. Unfortunately anti-epileptic drugs are ineffective in about one-third of patients, who have a drug-resistant form of the disease. This form of epilepsy is extremely expensive to treat, with costs reaching an estimated $1.7 billion in Canada in 2012.

    The goal of this project is to develop a pharmacogenomic tool for the more accurate diagnosis of various forms of epilepsy, particularly those that are drug resistant. This decision-support tool would improve the lives of patients by giving them access to diagnostic information in a timelier manner, aiding their decision about treatment options, and helping to prevent cognitive decline in children. Introducing this tool to the Canadian health care system represents potential savings of nearly $12 million per year.

    Source: Genome Canada

  • Personalized medicine strategies for molecular diagnostics and targeted therapeutics of cardiovascular diseases

    Investigateurs principaux :
    Jean-Claude Tardif, MD et Marie-Pierre Dubé, PhD - Montreal Heart Institute (MHI)

    Pharmacogenomic tests for cardiovascular diseases: Innovation for the health care system

    In 2010, 80,000 Canadians died from cardiovascular diseases (CVD), which represents 35 percent of all deaths in the country. At the moment, 1.3 million Canadians suffer from CVD, with associated costs reaching $22.2 billion a year - the highest proportion for the Canadian healthcare system.

    The goal of this project is to develop pharmacogenomic tests that would render more effective the management of patients with CVD. These decision-support tools developed for health managers would present many benefits:

    • Improved treatments, with reduced negative effects
    • Greater patient confidence in the treatment and in turn better compliance
    • Reduced costs to the Canadian health care system
    • Better market access for cardiovascular drugs and diagnostic tests

    These tests will have an immediate, lasting impact on the economic front and in clinical practice, both here and around the world.

    Source: Genome Canada

  • IBD Genomic Medicine Consortium (iGenoMed)

    Investigateurs principaux :
    John D. Rioux, MD et Alain Bitton, MD - Montreal Heart Institute(MHI)

    Dawn of a new era for patients with inflammatory bowel diseases as personalized therapeutic approach may soon be here

    With its 230,000 reported cases, Canada has one of the world's highest rates of inflammatory bowel diseases (IBD), such as Crohn's and ulcerative colitis. A variety of drugs currently exist to treat IBD, but, at the moment, doctors have no way of knowing which drug will work best for which patient.

    Dr. Rioux and his team are working on tests that would enable doctors to match the right drug with the right patient, avoiding the often costly and ineffective trial-and-error approach of selecting a drug. In addition to greatly improving the quality of life of those affected, this tool, once implemented, could help save the health care system more than $10 million a year in hospitalization and surgical costs.

    Source: Genome Canada

  • Biomarkers for pediatric glioblastoma through genomics and epigenomics

    Investigateurs principaux :
    Nada Jabado, MD, PhD - McGill University Health Centre (MUHC)
    Jacek Majewski, PhD et Tomi Pastinen, MD, PhD - McGill University and Genome Quebec Innovation Center

    New therapy for pediatric glioblastoma (brain cancer) could finally see the light of day

    Each year in Canada, 200 children and 300 young people are affected by glioblastoma. Unfortunately, with existing treatment options, 90 percent of patients will die within three years. A better understanding of the mutations involved in this form of cancer should help us improve the survival rate of these young people.

    The goal of this project is to develop and implement a diagnostic test for clinical trials that will stratify patients with glioblastomas. The test will make it possible to put in place a therapeutic strategy tailored to the mutations involved. This unprecedented approach will lead to better targeted, more effective treatments.

    Source: Genome Canada

  • Enhanced CARE for RARE Genetic Diseases in Canada

    Investigateurs principaux :
    Kym Boycott, MD - Children's Hospital of Eastern Ontario (CHEO)
    Jacek Majewski, PhD - McGill University and Genome Quebec Innovation Center
    Alex MacKenzie, MD - Children's Hospital of Eastern Ontario (CHEO)

    Enhanced CARE for RARE Genetic Diseases in Canada

    The human genome is made up of approximately 22,000 functional units known as genes. Mutations in these genes not only cause well recognized disorders such as muscular dystrophy and cystic fibrosis, but also thousands of other rare but nonetheless serious diseases impacting hundreds of thousands of Canadians (www.raredisorders.ca). Many single-gene disorders are undiagnosed and most of these frequently serious conditions are currently untreatable; together they represent one of the greatest unmet medical challenges of the 21st century. CARE for RARE is a collaborative pan-Canadian project configured to improve the diagnosis and treatment of rare diseases.

    We will use new powerful DNA sequencing methods to provide a molecular diagnosis to over 500 patients and discover 60 new rare disease genes. Working with key provincial stake-holders we will also take steps to move these sequencing methods from the research realm to general clinical use. The identification of new rare disease genes provides useful biological information, which is often significant in our understanding of human health. Most importantly, making a clear DNA-based diagnosis has direct and immediate clinical impact while saving health care dollars; invasive diagnostic investigations will cease, the patients prognosis and clinical management going forward will frequently become clearer, ineffectual treatments can be safely halted, a definitive treatment may be available, and a precise prediction of the chance of the disease happening in future offspring can be provided.

    Ultimately, the hope for any genetic disorder is, where possible and in addition to an accurate diagnosis, treatment. We will thus also initiate a low cost and rapid computer and laboratory experiment-based exploration of therapies initially starting with approximately 100 rare disorders. We will test drugs that are currently in clinical use and expect that our analysis will identify at least one that will be ready for clinical evaluation by the project's end date. Although this may appear to be a small number, the most important outcome will be to validate this approach for the many hundreds of other rare diseases that are currently untreatable. We will also integrate with national and international networks to enable rapid global dissemination of our research findings and approaches, thereby contributing to the global understanding and diagnosis of rare disorders. The personalized diagnostic and therapeutic approaches we propose here for rare diseases will help consolidate Canada's position as a leader in this critical realm.

    Source: Genome Canada

Compétition 2010 Projets de recherche appliquée à grande échelle
  • AdapTree: Évaluer le portfolio adaptif de l'inventaire de reforestation pour les climats futurs

    Investigateur principal :
    Sally Aitken, University of British Columbia
    Andreas Hamann, University of Alberta

    Les chercheurs séquencent les semis de deux des plus importants arbres de l'ouest canadien- le pin tordu et l'épinette, pour mieux comprendre quels gènes sont impliqués dans l'adaptation aux conditions climatiques locales. Ceci assurera que les bons arbres seront plantés dans la bonne région climatique, ainsi que l'amélioration de la santé des forêts à long terme ce qui générera des bénéfices de plusieurs centaines de million de dollars chaque année. Un grand nombre d'intervenants sont impliqués pour mieux comprendre les questions socioéconomiques, menant à des recommandations de politiques pour une meilleure gestion de la foresterie.

    Source: Génome Canada

  • BEEM: Bioproducts and Enzymes from Environmental Metagenomes

    Investigateur principal :
    Elizabeth Edwards, U. of Toronto
    David Major, Geosyntec Consultants (Guelph)

    L'équipe montée d'ingénieurs chimique, de biologiste et d'experts en politique appliquera ses connaissances de séquençage génique et simulation informatique pour identifier, dépister, analyser et cloner de nouvelles protéines. Ils détermineront leur potentiel comme catalyseur pour transformer les résidus végétaux de faible valeur et les déchets en bioproduits efficaces. Des tests de dépistage seront faits sur différentes communautés de microbes qui sont essentielles à la fermentation en carburant de matières agricoles renouvelables ou de déchets agricoles. Ils chercheront aussi des communautés microbiennes qui pourraient être utilisées pour rétablir les sols et plans d'eau contaminés en comprenant leur fonction naturelle comme recycleurs de la nature, qui décomposent les polluants et contaminants dans différents sites. La viabilité de nouveau procédé de biotransformation sera minutieusement évaluer en tenant compte des contraintes économiques, réglementaires et politiques.

    Source: Génome Canada

  • Exploiter une diversité microbienne pour l'utilisation durable des ressources de biomasses forestières

    Investigateur principal :
    Lindsay Eltis et William Mohn, Université de Colombie-Britannique

    Un élément clé pour rester compétitif dans l'industrie forestière implique une meilleure gestion des biomasses forestières- une source riche de biocarburant, de matières premières et autres produits à base de lignine telle que les résines et fibres de carbone. Avec des fonds octroyés par Génome Canada, des scientifiques explorent les microorganismes trouvés dans les sols qui naturellement dégradent les biomasses. Exploiter le potentiel de la biomasse forestière mènera à une meilleure gestion des forêts et une meilleure économie des produits à base de lignine. Pour accélérer une utilisation plus vaste de ces innovations, une composante intégrée GE3LS examinera les questions technologiques, commerciales, organisationnelles, environnementales et sociétales pertinentes.

    Source: Génome Canada

  • Contrôle et diagnostique de la santé des forêts basée sur la génomique

    Investigateur principal :
    Richard Hamelin, Université de Colombie-Britannique

    Génome Canada finance la recherche pour développer un test d'ADN diagnostique pour identifier et suivre l'instance d'infection de pathogènes des arbres. Elle produira des bénéfices économiques annuels dans les dizaines de millions de dollars pour l'industrie forestière et des pépinières en réduisant les pertes causées par les maladies. Il existe plusieurs opportunités par le biais de la vente d'outils diagnostiques sur le marché mondial. Le projet entamera le plus grand effort de séquençage de pathogènes des arbres dans le monde, ce qui aidera à mieux comprendre ces défis. Une composante intégrée GE3LS pourra générer une ébauche de la commercialisation de ces outils et examinera les questions politiques et sociales sur l'acceptation de l'utilisation des technologies génomiques dans le cadre de la gestion forestière.

    Source: Génome Canada

  • Améliorer l'assainissement des sols pollués par la génomique environnementale

    Investigateur principal :
    B. Franz et Mohamed Hijri, Université de Montréal

    Génome Canada finance la recherche sur le phyto-assainissement- une biotechnologie prometteuse qui utilise les plantes pour désinfecter les sols des polluants. Une partie du projet de recherche est de séquencer une sélection de microbes qui sont les plus efficaces à détoxifier les sols. Ces données seront publiquement accessibles pour la communauté scientifique. Les services d'assainissements sont un marché représentant plus de $30 milliards de dollars au Canada et ce domaine connait une croissance importante durant la dernière décennie. Ce projet développera une méthodologie étape par étape pour l'évaluation de durabilité pour la réhabilitation de site, ainsi que des outils pour les conseils d'administration et des lignes directives légales pour les gouvernements et corporations.

    Source: Génome Canada

  • SMarTForest: Développement des technologies de détection de marqueurs pour exploitation forestière durable

    Investigateur principal :
    John MacKay, Université Laval
    Jörg Bohlmann, Université la Colombie Britannique

    Génome Canada finance le développement de nouvelles technologies pour la détection de marqueurs pour identifier les semis ayant une croissance et des propriétés supérieurs ainsi qu'une résistance accrues aux insectes. Des systèmes de marqueurs génétiques et des bio-marqueurs seront développer et appliquer à des programmes de foresterie canadienne. L'utilisation de méthode comme la « Sélection Assistée par Marqueur » (SAM) permettra à la production de bois d'être concentrée sur une superficie réduite, ce qui améliorera la compétitivité de la foresterie canadienne en stimulant les rendements, ce qui augmentera la valeur de ses produits dérivés. Le projet mènera des analyses sur les impacts économiques, socio-économiques ainsi que sur les aspects légaux et politiques qui pourraient affecter l'utilisation de SAM dans les juridictions provinciales et aidera la création d'emplois de grande valeur dans les communautés rurales en diversifiant les pipelines de bio-produits.

    Source: Génome Canada

  • Maladies orphelines: Indentification de Gènes et Nouvelles Thérapeutiques pour Améliorer les Traitements

    Investigateur principal :
    Christopher McMaster et Conrad Fernandez, Université Dalhousie

    Un Canadien sur douze souffre d'une maladie dite orpheline. La découverte de traitements efficaces pour ces maladies est souvent entravée par la compréhension scientifique inadéquate de ces conditions, les ressources limitées allouées au l'étude de ces maladies et le coût élevé du développement de nouveaux médicaments. Bien qu'individuellement rares, ces maladies ont un effet cumulatif socio-économique et sur la santé de trois millions de Canadiens. Présentement, la découverte de gènes offre un nouvel espoir pour de nouvelles thérapies. A partir du succès du projet AMGGI, des scientifiques développent the nouvelles thérapies pour soigner les patients atteints de maladies orphelines en moins de temps et a coûts réduits. Avec le financement de Génome Canada, les chercheurs travaillent à découvrir les gènes responsables pour ces maladies, à identifier des cibles thérapeutiques et des petites molécules ou drogues qui diminueraient les impacts de ces maladies. Les chercheurs se concentrent aussi à utiliser ou convertir des drogues existantes pour répondre plus rapidement aux besoins médicaux non-répondus. Dans le cadre de leur projet, les chercheurs examinent les questions éthiques qui affectent les patients de maladies orphelines incluant l'évaluation de modèles régulateurs internationaux pour des drogues orphelines et les besoins individuels des récipiendaires.

    Source: Génome Canada

  • ATCG-Avancement pour le Triticum Canadien par la Génomique

    Investigateur principal :
    Curtis J. Pozniak et Pierre Hucl, Université de Saskatchewan

    Le blé est un grain très important pour l'économie canadienne, générant plus de $11 milliards de dollars annuellement en nourriture à valeur-ajoutée. Les programmes de sélections courants utilisent des méthodes génomiques, mais le plein potentiel de la génomique n'est pas encore réalisé. Les nouvelles percées en séquençage permettent aux scientifiques de caractériser les gènes au niveau de base- la séquence d'ADN. Cette séquence contient la clé pour augmenter le taux du gain génétique dans le blé. Remarquablement, le génome du blé est cinq fois plus grand que celui de l'humain et son séquençage est coordonnée par le Consortium International du Séquençage du Génome du Blé. Avec le financement de Génome Canada, les chercheurs canadiens jouent un rôle clé dans le consortium, en séquençant le chromosome 6D, qui est lui-même plus gros que le génome du riz. En collaboration avec ses partenaires internationaux, le Canada identifie les gènes que les phytogénéticiens étudiants le blé peuvent utiliser pour développer les prochaines générations de cultivars. Les chercheurs GEL3S examineront le rôle des partenariats public-privé en génomique du blé et sélection génétique et recommanderont des stratégies pour maximiser le retour sur l'investissement. Ceci est particulièrement opportun, compte tenu de l'augmentation de l'investissement du secteur privé en génomique et sélection du blé.

    Source: Génome Canada

Compétition ABC
  • Biosystèmes synthétiques pour la production de métabolites végétaux de grande valeur

    Investigateurs principaux : Vincent Martin et Peter Facchini (Génome Québec and Genome Alberta)

    Les principaux résultats de ce projet seront les suivants : (1) ressource publique de renseignements en génomique et en métabolique sur 75 plantes productrices d'un nombre immense de produits naturels importants; (2) souches de levure productrices de produits végétaux naturels de grande valeur; (3) catalogue de nouvelles enzymes utilisées comme catalyseur dans des applications de biologie synthétique; (4) invention de méthodes fonctionnelles en génomique pour la description des voies métaboliques et l'identification de gènes végétaux biosynthétiques inconnus; et (5) analyse de sujets liés à la réglementation, à l'éthique et à l'économie, ce qui contribuera à un développement sain et responsable des technologies à base de végétaux.

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  • Génozymes pour la mise au point de bioproduits et de bioprocessus

    Investigateur principal : Adrian Tsang (Génome Québec)

    Pour passer d'une économie basée sur les combustibles fossiles à une bioéconomie basée sur la conversion de matières végétales en énergie, les chercheurs doivent isoler les protéines qui interviennent dans le processus de conversion de la biomasse ligneuse (lignocellulose) en sucres simples. Ces derniers sont les pierres angulaires de la fabrication de biocarburants et de produits biochimiques de pointe qui peuvent transformer les résidus agricoles et urbains en produits et en énergie. Lorsque qu'elles auront été mises au point, les nouvelles enzymes deviendront les pierres angulaires du développement de bioraffineries industrielles à grande échelle qui convertiront la biomasse en biocarburants et en produits biochimiques. Des suppléments enzymatiques utilisés dans les aliments pour le bétail seront également mis au point, ce qui réduira la quantité de céréales nécessaires à un aliment nutritif. Ce progrès stabiliserait le coût des aliments pour les agriculteurs et pourrait réduire les coûts des aliments en général. Les enzymes mises au point aideront de plus l'industrie des pâtes et papiers à réduire la quantité d'énergie qu'elle consomme et la pollution que génère le procédé de réduction en pâte.

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  • Rapprochement de la génomique comparative, de la génomique des populations et de la génomique fonctionnelle pour l'identification et la validation expérimentale de nouvelles régions régulatrices et de nouveaux gènes pour l'amélioration des cultures

    Investigateur principal : Thomas Bureau (Génome Québec)

    La séquence pangénomique de plusieurs proches parents d'Arabidopsis et du canola sera déterminée, et l'information obtenue sera utilisée pour des études comparatives à l'intérieur même des espèces et entre elles. Des régions d'ADN non codant seront ciblées par des prédictions informatiques et validées par des expériences fondées sur des méthodes de la génétique et de la génomique des populations. Les conclusions importantes seront protégées en vue d'une exploitation ultérieure. Le projet ciblera des régions d'ADN non codant dont le potentiel d'amélioration des cultures sera avéré. L'équipe du projet générera aussi des données, des compétences spécialisées et un personnel chevronné sur lesquels pourront s'appuyer les applications futures d'amélioration des cultures.

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  • Génomique du tournesol

    Investigateur principal : Loren Rieseberg (Genome BC)

    La famille des tournesols (astéracées ou composées, famille ainsi nommée parce que les têtes en fleur sont constituées de nombreuses fleurs minuscules), est la plus grande famille de plantes sur Terre : elle compte plus de 24,000 espèces décrites, soit environ 10% de toutes les espèces angiospermes. Ces espèces englobent des cultures importantes sur le plan économique (tournesols, laitue, artichaut), de superbes fleurs sauvages (marguerites), des allergènes courants (herbe à poux, verge d'or), des plantes médicinales précieuses, de même que des plantes envahissantes et des mauvaises herbes des parcours naturels (chardons, pissenlits). Malgré la grande diversité et l'importance économique des plantes de cette famille, le génome d'aucune de ces espèces ou même de plantes appartenant à des familles étroitement apparentées n'a été séquencé. Cette lacune a retardé la recherche génétique et l'amélioration des cultures. Le projet accroîtra la rapidité et la précision des programmes d'amélioration des tournesols par l'identification des marqueurs moléculaires de gènes bénéfiques qui codent d'importants traits agricoles tels la teneur en huile des graines et le moment de la floraison. Nous mettrons pleinement à contribution la solide infrastructure en génomique du Canada et son leadership en génomique des astéracées, et utiliserons cette infrastructure et ces compétences spécialisées en collaboration avec des experts du monde entier.

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  • Utilisation complète du lin au moyen de la génomique

    Investigateurs principaux : Gordon Rowland et Sylvie Cloutier (Genome Alberta)

    Le lin devient un ingrédient alimentaire très populaire. La graine de lin, par exemple, est riche en oméga-3, qui intervient dans les fonctions cérébrales humaines, réduit le « mauvais » cholestérol, et atténue le risque de cardiopathies. La graine de lin est également une source riche de phytoestrogènes, associée à une diminution du risque de cancer. Les graines de lin sont utilisées dans de nombreux procédés industriels dont le linoléum, les solvants, les peintures, les panneaux et des matériaux composites pour les automobiles. Le lin est une culture inhabituelle parce qu'elle produit deux types différents d'éléments : des graines et des fibres. La paille produit une fibre solide et durable qui sert à fabriquer le lin des vêtements; la fibre de lin remplace aussi la fibre de verre dans les composites et la fabrication des bûches de bois, du papier et autres produits semblables. Ce projet de recherche créera de l'information et des outils de génomique qui accéléreront la recherche sur le lin et permettront de réaliser des progrès en ce qui a trait au rendement du lin et à des applications dont on n'aurait même pas rêvé il y a peu de temps encore.

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  • La métagénomique au service d'une production et d'une extraction plus écologiques des hydrocarbures : créer des possibilités pour une meilleure récupération moins dommageable pour l'environnement

    Investigateur principal : Gerrit Voordouw (Genome Alberta)

    Le Canada reconnaît la nécessité de faire passer la production énergétique mondiale à des ressources renouvelables. Cela dit, lorsqu'il existera des technologies applicables sur le plan économique pour le faire. Le pétrole, le gaz et le charbon du Canada doivent être extraits de la manière la plus écologique possible. Le présent projet vise à réduire au minimum l'impact environnemental de la production des sables bitumineux en diminuant l'utilisation de l'eau et l'émission des gaz à effet de serre, et en amélioration l'extraction de gaz qui brûle proprement des couches de houille. En concevant de nouvelles biotechnologies qui réduisent l'énergie et l'eau actuellement nécessaires à l'extraction du pétrole des sables bitumineux et en améliorant la production de méthane des couches de houille, le projet contribuera à atténuer l'impact sur l'environnement des besoins énergétiques actuels du Canada et du monde. L'atteinte de cet objectif contribuera à faire de la production énergétique au Canada une entreprise durable sur le plan environnemental.

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  • Outils de prévision améliorés par la génomique visant à assurer l'approvisionnement à court terme en matières lignocellulosiques à court terme pour la bioénergie, à l'aide du système du dendroctone du pin ponderosa

    Investigateurs principaux : : Jorg Bohlmann et Janice Cooke (Genome BC and Genome Alberta)

    La récente pullulation du dendroctone du pin ponderosa en Colombie-Britannique, qui s'étend maintenant à l'Alberta, a causé des dommages sans précédent à l'industrie forestière canadienne. L'infestation actuelle s'est répandue sur plus de 14 millions d'hectares de forêts de pins et représente l'épidémie la plus considérable jamais répertoriée dans l'histoire. Au Canada, les forêts de conifères constituent la plus importante source renouvelable de lignocellulose utilisée pour produire de l'énergie et des produits du papier et du bois. La compréhension de la biologie du dendroctone du pin ponderosa, grâce à laquelle on pourra prévoir les infestations futures et les maîtriser, représente une importante contribution à l'économie des forêts canadiennes, en particulier en ce qui a trait à la production énergétique. Même si les quantités considérables de bois mort en raison de la pullulation du dentroctone du pin ponderosa ont créé un excédent inattendu de matières premières énergétiques possibles, cet approvisionnement ne sera pas nécessairement durable dans l'avenir. Avant de faire des investissements stratégiques dans l'industrie forestière, il faut améliorer les méthodes actuelles de prévision des matières premières. Ce projet de génomique appliquée a pour objet général de produire de nouvelles données et de nouveaux outils basés sur la génomique qui amélioreront les prédictions de l'approvisionnement en matières premières énergétiques renouvelables provenant des forêts de conifères, en nous servant de l'infestation actuelle du dendroctone du pin ponderosa comme exemple d'un important système hôte-insecte ravageur-agent pathogène.

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  • Génomique microbienne pour des biocarburants et des coproduits des procédés de bioraffinage

    Investigateurs principaux : David Levin et Richard Sparling (Genome Prairie)

    Le monde étant confronté à la réalité du pic pétrolier, des efforts sérieux sont faits pour développer des sources d'énergie renouvelable qui peuvent nous rendre moins dépendants des combustibles fossiles. La production biologique (biocarburants), dans laquelle les carburants comme l'éthanol sont produits à partir d'une grande variété de matières premières agricoles, constitue une source de carburant de rechange prometteuse. La production actuelle d'éthanol comprend la fermentation microbienne de glucides de la canne à sucre (au Brésil) ou de l'amidon des céréales (principalement le maïs aux États-Unis et dans l'Est du Canada, et le blé dans les provinces des Prairies canadiennes) suivie par la distillation de l'éthanol provenant des bouillons de fermentation. Les perspectives à long terme de la production d'éthanol à base de céréales sont toutefois douteuses en raison du coût des matières premières qui représentent une importante fraction des coûts totaux de production; de plus, l'utilisation de céréales alimentaires a des répercussions très néfastes sur les prix des aliments. Il est donc essentiel de trouver d'autres sources de matières premières à faible coût pour assurer la viabilité commerciale de la production des biocarburants. Une caractérisation génomique complète de bactéries connues et nouvelles sera effectuées, elles seront choisies en fonction de leur capacité de participer à divers procédés métaboliques. En se basant sur les données obtenues, le génie métabolique sera utilisé pour produire des bactéries aux caractéristiques améliorées de synthèse du carburant et des coproduits. Des souches bactériennes appropriées seront utilisées pour créer des communautés (ou « consortiums ») de microorganismes qui serviront dans des applications industrielles. Les bioraffineries pourront fabriquer des produits (éthanol, hydrogène et coproduits) à partir de matières premières de lignocellulose peu coûteuses, ce qui accroîtra leur viabilité économique. Le Canada deviendra ainsi chef de file dans la production des biocarburants et des bioplastiques.

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Compétition III
  • Arborea II

    Investigateurs principaux : John MacKay et Jean Bousquet (Génome Québec)

    Génomique pour la sélection moléculaire chez les résineux. Découverte de marqueurs génétiques visant à améliorer la productivité et la valeur de l'épinette grâce à la génomique fonctionnelle et la cartographie d'association.

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  • Carte génétique et carte de restriction intégrées du singe vervet

    Investigateur principal : Ken Dewar (Génome Québec)

    Le singe vervet (Cercopithecus aethiops) est une espèce non-menacée de l'Afrique du Sud et un modèle qui se prête bien à l'étude des processus neurologiques. L'équipe du projet dressera une carte de restriction complète de tout le génome de Cercopithecus aethiops, ce qui approfondira les connaissances actuelles basées sur la cartographie génétique (localisation de la position de gènes donnés sur les chromosomes), le génotypage (tests des variations génétiques) et les colonies de généalogie contrôlée (populations uniques et spécialement élevées de singes vervets).

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  • Projet GRiD : Régulateurs des gènes dans la maladie
  • Investigateur principal : Tomi M. Pastinen (Génome Québec)

    La régulation des gènes est le processus de l'ADN et des interactions des protéines dans un gène qui détermine où et comment le gène sera activé. De subtiles différences dans la régulation des gènes d'un individu à l'autre peuvent entraîner la susceptibilité ou la résistance à la maladie. En déterminant les étapes biologiques amorcées par les mécanismes régulateurs, l'équipe de recherche espère mieux comprendre comment le risque de maladie est modifié. Ces résultats devraient ouvrir la voie à de nouveaux traitements et produits de santé. En même temps, l'équipe étudiera les répercussions et les aspects éthiques de cette recherche, afin d'élaborer un cadre pertinent pour ce projet et ceux qui suivront.

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  • Annotation fonctionnelle des isoformes essentielles alternativement épissées.
  • Investigateur principal : Sherif Abou Elela (Génome Québec)

    Maintenant que le génome humain a été séquencé, la course à la découverte des fonctions de gènes potentiels est lancée. Cette tâche est grandement compliquée par le fait que chez les mammifères, un seul gène peut produire diverses isoformes protéiques (formes moléculaires multiples de protéines données) par le biais d'un processus appelé "épissage alternatif pré-ARNm". Les anomalies de l'épissage alternatif expliqueraient, croit-on, plusieurs types de cancer et d'autres maladies humaines comme la fibrose kystique, la thallassémie, et la maladie d'Aran-Duchenne. Malgré sa prévalence, on sait toutefois très peu de choses sur les mécanismes biologiques qui régulent l'épissage alternatif. L'équipe du projet étudiera également les phénotypes qui découlent de l'inhibition spécifique aux isoformes, et mettra les données obtenues en corrélation avec des analyses d'échantillons de tissus provenant de populations canadiennes.

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  • Identification et caractérisation des gènes impliqués dans les maladies cérébrales courantes du développement
  • Investigateur principal : Guy Armand Rouleau (Génome Québec)

    La schizophrénie et l'autisme sont des maladies graves du cerveau qui entraînent d'énormes souffrances humaines et des coûts de santé élevés. Malgré des décennies de recherche, les causes de ces maladies demeurent encore en grande partie inconnues. On croit cependant que ces deux maladies sont liées à des facteurs génétiques (héréditaires) et peuvent par conséquent être étudiées à l'aide de la génomique. L'équipe du projet prévoit identifier de 10 à 20 gènes qui causent directement la schizophrénie ou l'autisme ou accroissent la susceptibilité à ces maladies. Ces résultats ouvriront ensuite la voie à l'élaboration de nouveaux tests diagnostiques, à de nouveaux traitements et à une meilleure gestion clinique des patients, ce qui servira à la fois aux décideurs en santé et aux communautés de recherche en génétique et en neurosciences partout dans le monde.

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  • Pharmacogénomique de l'efficacité des médicaments et toxicité du traitement des maladies cardiovasculaires
  • Investigateurs principaux : Jean-Claude Tardif et Michael S. Phillips (Génome Québec)

    Aucun médicament ne convient à tous les patients. On croit que les différences génétiques entre les patients expliquent les diverses réactions aux médicaments. La génomique ouvre la voie à une médecine personnalisée, prédictive et préventive, et la pharmacogénomique en particulier utilise les renseignements génétiques d'un patient pour prévoir les réactions individuelles aux médicaments. C'est là un sujet important, car les réactions indésirables aux médicaments sont une cause importante d'hospitalisation et de mortalité au Canada, aux États-Unis et en Europe. L'équipe prévoit identifier les biomarqueurs pertinents qui pourront ensuite servir à élaborer des tests diagnostiques. Les résultats aideront à déterminer comment les patients réagiront aux traitements de maladies cardiovasculaires, compte tenu de leur profil génétique. L'équipe du projet élaborera également des lignes directrices en éthique qui aideront à planifier la recherche future en pharmacogénomique, ainsi que des modèles et des stratégies d'intégration des connaissances génétiques aux pratiques des soins de santé.

    Pour plus d'informations, consultez :

  • Génomique de la santé des forêts de conifères
  • Investigateurs principaux : Jorg Bohlmann et Kermit Ritland (Genome BC)

    Plus des deux tiers des terres forestières du Canada sont composées de forêts de conifères - des arbres à cônes et des résineux utilisés pour le bois d'oeuvre. Ces conifères sont le principal pilier de la colossale industrie forestière canadienne. Les forêts canadiennes de conifères sont de plus en plus menacées par les épidémies d'insectes nuisibles et l'impact du changement climatique. Quel est le fondement génomique et biologique de la réaction de défense des conifères aux parasites des forêts? Comment les conifères s'adaptent-ils au stress abiotique causé par des changements dans l'environnement? Le projet vise à identifier les mécanismes génétiques sous-jacents de la résistance aux perturbations biotiques (par exemple, la résistance aux insectes et aux agents pathogènes associés aux insectes) et de l'adaptation au stress abiotique (par exemple, la régulation de l'apparition des bourgeons et la résistance au froid). Les chercheurs s'efforceront également d'identifier et d'utiliser la variation génétique naturelle des arbres forestiers pour accroître la sélection en fonction de la résistance et de l'adaptation des conifères pour améliorer la santé des forêts en général.

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  • Génomique de la morue et amélioration du stock de géniteurs
  • Investigateurs principaux : Sharen Bowman et Edward Trippel (Génome Atlantic)

    Les pêches traditionnelles représentent un pilier important de l'activité culturelle et économique du Canada atlantique, même si la pêche de certaines espèces comme le saumon de l'Atlantique et la morue a gravement diminué. La diminution des stocks de saumon de l'Atlantique a contribué à faire naître le secteur actuel de l'aquaculture qui génère annuellement plus de 200 millions de dollars en recettes au Nouveau-Brunswick seulement. Pour maintenir la croissance et la stabilité de ce secteur, il faut maintenant diversifier le secteur et se tourner vers l'élevage d'autres espèces comme la morue, ou gadiculture. Les estimations actuelles montrent que la gadiculture à Terre-Neuve seulement pourrait générer des recettes de 100 millions de dollars, tout en répondant à la demande d'une ressource alimentaire de haute qualité de la part des consommateurs. Des programmes de gadiculture existent en Norvège et en Islande. Le secteur aquicole du Canada reconnaît que la sélection des géniteurs est essentielle à la production de stocks supérieurs de morue pour l'élevage. Ce programme sera réalisé en partenariat avec l'industrie, les universités, le gouvernement et les organismes sans but lucratif et fera appel aux technologies de la génomique, alliées à des méthodes de reproduction sélective basées sur les familles pour identifier les morues dont les traits présentent une valeur commerciale, par exemple une meilleure croissance, un âge tardif de maturation sexuelle et la résistance aux maladies et au stress. L'équipe du projet séquencera des gènes pour identifier les marqueurs moléculaires associés à un rendement supérieur en élevage.

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  • Initiative de génétique médicale et de génomique de la région de l'Atlantique (AMGGI)
  • Investigateurs principaux : Mark Samuels et Terry-Lynn Young (Génome Québec et Genome Atlantic)

    L'Initiative de génétique médicale et de génomique de la région de l'Atlantique (AMGGI) est un projet de recherche canadien qui vise à identifier de nouveaux gènes qui influencent profondément la santé. L'AMGGI utilisera la structure et l'histoire uniques de la population de la région de l'Atlantique, de même que la grande qualité du système de santé, pour simplifier le processus de découverte. Le projet engendrera des avantages socio-économiques tangibles en améliorant les soins de santé et la gestion des maladies pour les individus, les familles et les collectivités du Canada atlantique dont le fardeau est alourdi par des troubles monogéniques dévastateurs. Un volet important de l'AMGGI consistera à étudier les répercussions possibles des découvertes génétiques sur la prestation des services de soins de santé. L'équipe du projet s'attend à réaliser des percées médicales en raison de nouvelles découvertes de gènes, à transférer les nouvelles connaissances aux fournisseurs de soins de santé, à présenter des recommandations sur la politique en matière de santé sur l'influence de l'information génétique sur la société, et à améliorer la gestion clinique des patients atteints de troubles monogéniques.

    Pour plus d'informations, consultez :

Projets instituts de recherche en santé du canada (irsc)

Advancing Technology Innovation Through Discovery
  • Découvrir les gènes de maladies rares au Canada (FORGE CANADA)

    Investigateur principal : Dr. Kym Boycott

    Co-investigateur principal : Dr. Jacques Michaud and Dr. Jan Friedman

    Les maladies génétiques infantiles sont individuellement rares mais collectivement, elles affectent la qualité de vie de plus de 500 000 enfants au Canada. Ces maladies causent différents problèmes médicaux incluant les malformations de naissance, la déficience intellectuelle, la difficulté de croissance et la défaillance d'organe. La plupart des gènes causant ces maladies ne sont pas connues, surtout à cause du petit nombre d'échantillons disponibles pour faire des études de découverte de gène. Une nouvelle technologie appelée séquençage à haut débit, a été développé et permet l'analyse du code génétique complet d'une personne (22 000 gènes) en quelques jours et à moindre coût. Ce nouveau type de séquençage a révolutionné l'étude de maladies génétiques rares car il est possible maintenant de déceler les gènes causatifs en analysant un nombre restreint de patients. Un large réseau de docteurs et de chercheurs canadiens a été créé qui auront accès à cette importante nouvelle technologie pour leurs patients. Par l'entremise de cette collaboration nationale, il sera possible de rapidement identifier plusieurs gènes responsables de ces maladies génétiques qui affectent les enfants de ce pays et du monde entier. Le Consortium Canadien de Séquençage des Maladies Génétiques Pédiatriques (www.cpgdsconsortium.com) comprend 150 membres et assurera que le Canada devient un leader dans ce domaine. Le travail du consortium permettra la découverte plus rapide de gènes causatifs de maladies génétiques rares, ce qui amènera le développement de test génétique qui dirigeront vers des diagnostiques plus précis. Des diagnostiques précis aideront à réduire et prévenir les complications chez les patients, à développer des traitements personnalisés et à mieux conseillers les parents sur la planification familiale.

    Information sur financement:

    Année Fiscale Montant
    2010-11 1,225,000$
    2011-12 500,000$
    Total: 1,725,000$
    Source: Genome Canada

  • Consortium Canadien de la Génomique des Cancers Pédiatriques : Traduire les technologies de séquençage de nouvelle génération en traitement pour les cancers infantiles à hauts risques

    Investigateur principal :Dr. Poul Sorensen

    Dans un projet supporté par Génome Colombie Britannique, Dr Poul Sorensen, un pathologiste pédiatrique à L'Agence Du Cancer de Colombie Britannique-Université de Colombie Britannique, mène une équipe qui explore les génomes de quatre cancers infantiles les plus complexes. Dr Sorensen et ses collègues du Consortium Canadien de la Génomique des Cancers Pédiatriques espèrent trouver le lien entre les tumeurs primaires et métastasées en utilisant des technologies génomiques révolutionnaires et un consortium the scientifiques et cliniciens hautement qualifiés. D'autres chercheurs participants à cette étude inclus : Steven Jones et Marco Marra (Michael Smith Genome Sciences Centre, BC Cancer Agency); Michael D. Taylor, David Malkin, Cynthia Hawkins, et Annie Huang (Hospital for Sick Children, Toronto); Conrad Fernandez (Dalhousie University); Nada Jabado (Université McGill); Daniel Sinnett (Université de Montréal). L'équipe se concentrera sur médulloblastome (cancer du cerveau), ostéosarcome métastatique (cancer des os), gliome infantile de haut grade et gliome diffuse intrinsèque (deux types de cancer infantile du cerveau) pour découvrir les anormalités génétiques qui dirigent les cellules tumorales à se disperser ou à devenir résistantes aux traitements. Ils examineront et compareront directement la signature génétique de chaque maladie dans les cellules tumorales et celles qui se sont métastasées ou rechutées. Ces études donneront une première vue sur le génome des tumeurs de ces maladies. Cet aperçu offre non seulement un potentiel immédiat pour l'amélioration du traitement sur mesure pour les enfants atteints de ces maladies, mais permet le développement future de nouvelles drogues pour les patients qui ont jusqu'à maintenant un choix limité de traitement.

    Information sur financement:

    Année Fiscale Montant
    2010-11 1,275,000$
    Source: Genome Canada

Projets génome québec

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